Een mystiek getuigenis staat altijd in spanning met de kerkelijke orthodoxie, omdat zijn taal een andere is dan die van de theologie. Ook Ruusbroec is daaraan niet ontkomen.
Zover we weten is hij tijdens zijn leven nooit beschuldigd van ketterij. Wel is markant dat zelfs de kartuizers van Herne (bij Edingen), die hem zeer bewonderden, problemen hadden met sommige uitspraken van de prior. Dat geldt vooral voor een passage in zijn eerste werk, Dat rijcke der ghelieven, waar Ruusbroec spreekt over een eenheid tussen God en mens sonder differencie. Als dat betekent dat de mens oplost in God als een druppel in de zee, is dat inderdaad ketters. In Herne is Ruusbroec mondeling komen uitleggen hoe dat als een rechtgelovige uitspraak kan worden verstaan.
Na zijn dood is wel kritiek op zijn werk losgebroken en dat van de kant van een invloedrijk en eerbiedwaardig personage: Jean Gerson (1363-1429), kanselier van de universiteit van Parijs. Volgens hem beschrijft Ruusbroec op het einde van Die geestelike brulocht een eenheid tussen God en mens die onorthodox is. Jan van Schoonhoven (1356-1432), een kanunnik van Groenendaal, nam de verdediging van zijn overleden confrater op zich, maar Gerson heeft zich nooit laten overtuigen. Zijn veroordeling heeft lang doorgewerkt in het Franse milieu. Bossuet (1627-1704), bisschop en predikant aan het hof van Lodewijk XIV, schilderde Ruusbroec nog af als een gevaarlijk schrijver.