Multatuli zelf dacht niet veel invloed te hebben gehad op het koloniale beleid. Hij is gestorven als een verbitterd man.
“Als ik weer op de wereld kom maak ik eerst werk van geld”, schreef hij al op 12 november 1869 aan de Vlaamse criticus en conservator Max Rooses (1839-1914). In 1871 schreef hij aan zijn vriend en medestrijder Sicco E.W. Roorda van Eysinga (1825-1887): “‘Ideën regeren de wereld’ zei graaf Willem... nu ja, als ze geflankeerd zyn door andere dingen. [...] Een klein troepje doodverachters is meer waard dan alle (andere) ideën. Ik zeg: andere. Want materiële magt is ook ‘n idee, en wel ‘t beste!”
Multatuli is te vroeg gestorven om nog te kunnen zien hoe een generatie van jonge onderwijzers zijn ideeën uitdroeg, hoe jonge ambtenaren die naar Nederlands-Indië trokken hele passages uit Max Havelaar van buiten kenden, en hoe, ten slotte, strijders voor een onafhankelijk Indonesië als Tjipto Mangoenkoesoemo (1886-1943) en Ki Hajar Dewantara (1889-1959) tussen de twee wereldoorlogen hem aanhaalden in hun politieke toespraken. Het was trouwens samen met Ernest F.E. Douwes Dekker (1879-1950), kleinzoon van Multatuli’s broer Jan (1816-1864), dat beide onafhankelijkheidsstrijders in 1912 de Indische Partij hadden opgericht. De partij werd weliswaar al in 1913 opgeheven, maar heeft niettemin andere politieke initiatieven en partijvorming geïnspireerd.
In De raadselachtige Multatuli concludeert Willem Frederik Hermans (1921-1995) terecht dat het bestuur van Nederlands Oost-Indië na Multatuli’s dood “veel humaner” geworden is dankzij Max Havelaar. Tragisch is wel dat Multatuli’s aangenomen zoon, Eduard (Wouter) Bernhold (1876-1945), in 1945 overleden is aan de gevolgen van mishandeling door republikeinse Indonesiërs.